Другой причиной возникновения конфликта являются инновации. Оригинальные, по-новому сформулированные мысли именно потому новы, что отклоняются от укоренившихся привычек, застывших традиции — от привычной практики. Сопротивление, зачастую даже враждебную реакцию, которыми среда нередко встречает новую мысль, следует считать объективным фактором. Даже в случае успеха инновация сопровождается конфликтами — ведь она заставляет приспосабливаться к новому.
В производственной сфере появление новой идеи зачастую ведет к обесценению труда не только отдельных лиц, но и целых групп. Кроме зависти, выступающей на примитивном уровне, или опасений престижного характера, выступающих на более высоком уровне, причиной конфликта между новатором и его коллегами и администрацией может быть приверженность к прежним ценностям, консерватизм.
Возможной причиной конфликта может быть и такая система мотивации и заинтересованности, в которой выгода для новатора образуется в ущерб (действительный или надуманный) интересам структурного подразделения или всей организации.
Именно из-за традиционно негативного восприятия конфликтов (первый подход) общественный климат не благоприятствует распространению инновационной деятельности, даже безусловно обоснованной с экономической точки зрения, и зачастую тормозит ее.