Хотя такая система выбора вознаграждения по принципу «самообслуживания в кафетерии» имеет явные достоинства, она не свободна и от некоторых недостатков. Общая стоимость льгот при этом повышается, поскольку влечет за собой дополнительные административные накладные расходы, а также потому, что некоторые льготы, например, страхование персонала, обходятся дешевле, если их приобретают в больших объемах. Другая проблема заключается в необходимости просвещения работников в вопросах наличного набора льгот и потенциального значения этих льгот для них в будущем и настоящем.
Вместе с тем, компания «TRW» установила, что при соответствующей информированности работники могут сделать обоснованный выбор и изменить свое мнение о наиболее желанных льготах, когда у них появляется возможность их получить. Другие исследования показали, что большинство работников приветствуют гибкие программы предоставления льгот.